《刀塔手游》下架的主要原因是 版权诉讼问题。具体来说，这款手游在运营过程中涉及到了与Valve（维尔福软件公司）的版权纠纷。Valve认为《刀塔传奇》中部分游戏形象的人设、名称使用了《Dota》的内容，因此要求龙图游戏公司与制作方莉莉丝支付数千万元的罚款。

此外，虽然也有传闻称下架可能与iOS 9的兼容性问题有关，但这一说法并未得到官方确认，且随着时间推移，其他与iOS 9兼容性问题有关的游戏并未出现类似情况，因此可以排除这一可能性。

综合以上信息，可以得出结论：《刀塔手游》下架的主要原因是由于版权诉讼问题，特别是与Valve的纠纷。