在汽车上为手机充电时，保护手机的方法和注意事项如下：

避免过热

在充电过程中，确保手机不过热。如果发现手机温度过高，应暂时停止充电，待手机冷却后再继续。

避免在高温环境下充电，以免影响手机电池的寿命。

使用正规充电器

购买车载充电器时，应选择正规厂家生产的产品，并尽量挑选具有多重过载保护功能的车载充电器，以确保其质量和安全性。

正确放置

车载充电器在不使用时，建议拔掉插头并妥善存放，避免灰尘的侵入。同时，应避免将其放置在阳光直射或高温的地方，以防止损坏。

车载充电器的放置位置也很重要，如果离变速杆较近，可能会影响到驾驶。

避免潮湿环境

车载充电器应远离潮湿环境，以防止水分对内部电子元件造成损害。

注意充电环境

车内有各种电子设备和电路，可能产生电磁干扰。一般情况下，手机充电系统有抗干扰设计，正常使用影响不大。但长期在强电磁干扰环境充电，可能会干扰手机电池管理系统，间接影响电池性能和寿命。

避免长时间充电

如果汽车熄火后需要长时间给手机充电，建议使用专业车载充电器，这样可以避免因车载充电器功率不足导致充电时间过长。

充电时长

注意充电时长，避免过度充电。现代手机基本有过充保护电路，充满后会自动停止充电，可降低过充伤害。

车辆电池保护

频繁地使用辅助电源系统给手机充电，可能会对车辆的电池造成损害，缩短其使用寿命。因此，建议在使用时注意保护车辆的电池。

通过遵循以上方法和注意事项，可以在汽车上为手机充电时既保证充电安全，又能保障手机设备的正常使用和寿命。